Chức năng cụ thể của các phòng ban này như sau:
- Hội đồng quản lý, Hội đồng khoa học, Ban lãnh đạo Viện: có nhiệm vụ, quyền hạn như đã nêu trong điều lệ Tổ chức và hoạt động của Viện Tài nguyên, Môi trường và An toàn Hoá chất.
- Văn phòng: Tổng hợp, xây dựng chương trình, kế hoạch công tác và nghiên cứu khoa học của Viện; đôn đốc và chuẩn bị báo cáo cơ quan lãnh đạo cấp trên về kết quả thực hiện các nhiệm vụ của Viện;Thực hiện công tác hành chính, văn thư, lưu trữ, thông tin nội bộ, quản trị, lễ tân;Thực hiện công tác tổ chức và nhân sự;Quản lý tài chính, cơ sở vật chất, trang thiết bị kỹ thuật của Viện.
- Phòng Đào tạo, Tư vấn và Hợp tác Phát triển: Đào tạo, tư vấn các đơn vị về các thủ tục pháp lý có liên quan tới lĩnh vực tài nguyên, môi trường và an toàn hoá chất; Tổ chức các hoạt động hội thảo, đào tạo, tập huấn, truyền thông và chuyển giao kỹ thuật môi trường; Thực hiện các công tác đối ngoại trong nước và quốc tế; phối hợp với các đơn vị tổ chức các cuộc họp, hội thảo của Viện.
- Phòng Quản lý Tài nguyên, Môi trường: Xây dựng và triển khai các phương án quản lý tài nguyên, môi trường, các phương án về an toàn hoá chất đối với từng nhiệm vụ, đề tài, dự án; Xem xét và đánh giá tài nguyên, môi trường dựa trên các số liệu, thông số quan trắc và giám sát do phòng Kỹ thuật Bản đồ và Phòng Phân tích cung cấp; Thực hiện dịch vụ tư vấn về quản lý môi trường, chính sách và đánh giá tác động môi trường.
- Phòng Công nghệ Môi trường và Kỹ thuật tài nguyên: Xây dựng các phương án kỹ thuật, phương án công nghệ trong xử lý ô nhiễm môi trường, phân bón, các sự cố hoá chất như: xử lý CTR, khí thải, nước thải,… đồng thời triển khai các công nghệ xử lý môi trường; Nghiên cứu về sức khỏe môi trường và an toàn thực phẩm; Tư vấn về an toàn hóa chất và kỹ thuật tài nguyên
- Phòng Thí nghiệm và Phân tích Môi trường: Thực hiện chức năng quan trắc, giám sát và phân tích các thông số tài nguyên, môi trường.
- Phòng Kỹ thuật Bản đồ và Tin học: Thực hiện các dịch vụ đo, vẽ, lập bản đồ và xây dựng các cơ sở dữ liệu bản đồ trong lĩnh vực tài nguyên, môi trường, xử lý số liệu; Thực hiện các chương trình, dự án liên quan đến phần mềm, phần cứng máy tính phục vụ công tác đánh giá, phân tích tài nguyên, môi trường và an toàn hoá chất.
- Phòng An toàn hóa chất: Thực hiện các dịch vụ tư vấn hoá chất như lập kế hoạch, biện pháp phòng ngừa ứng phó sự cố hoá chất, xin giấy phép đủ điều kiện sản xuất kinh doanh hoá chất, huấn luyện an toàn hoá chất, sức khỏe môi trường, đánh giá rủi ro môi trường, đánh giá rủi ro và an toàn hóa chất, ...;